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次世代测序

 NextGen的DNA测序 核心提供高品质,大规模并行,高通量测序服务,覆盖广泛的生物学研究中的应用,包括转录组分析,靶向基因组和变量分析中,微生物分析,表观遗传学,和 从头 基因组组装。核心采用最新的仪器,包括pacbio续集,和Illumina公司miseq,nextseq和hiseq3000平台。从许多应用程序库建设服务适用于所有平台。我们鼓励客户核心人员协商选择解决具体的研究问题最好的实验方法和仪器平台的目的。

在NGS-SR,在ufhcc之间的伙伴关系 UF跨学科生物技术中心研究(ICBR),位于肿瘤遗传学研究园区(cgrc)内,并提供ufhcc成员访问国家的最先进的仪器和科学技术知识,以支持基础,转化的战略目标的传导影响力的基于基因组学研究的研究和临床癌症研究活动。

综合NGS服务包括DNA结构和基因变异分析中,微生物宏基因组和分析,转录组测序,染色质修饰和表观遗传学。在NGS-SR进行DNA文库制备和质量评价,大部分测序分析的利用Illumina短阅读DNA测序平台。对于需要较长单个分子更复杂的应用阅读长度等RNA剪接分析,pacbio续集仪器是可用的。无需对单细胞分析的研究人员的访问可以利用NGS-SR在10X基因组学平台铬故障排除员工的专业技能。

在NGS-SR密切合作与ufhcc BQS-SR和生物信息学ICBR精简原始测序数据的切换用于下游分析。该NGS-SR的工作时间是上午8点至下午6点从星期一到星期五。研究人员必须获得访问NGS服务crosslab用户帐户。 ufhcc成员受益于所有的优先服务。产生直接从仪器传送到ICBR的本地安全的存储环境,并且同时上传到Illumina的basespace序列毂(基于云的基因组学的计算和存储平台)允许ICBR所有数据,以提供分析的工作流程的一个更宽的阵列,以及用于QA / QC Illumina的数据。反之,pacbio数据在pacbio的SMRT的链接,只ICBR访问的系统在本地进行分析。随后,数据集被编译成一个统一的交付和使用苍白球,网格FTP数据传输平台,使大型数据集交付快速的方式,同时保护数据的安全性和完整性)或硬件加密的硬盘驱动器发送给客户。